Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) UIN Alauddin Makassar telah berdiri sejak tahun 2007, pada masa awal perubahan IAIN Alauddin Makassar menjadi UIN Alauddin Makassar. Namun pada saat itu disebut sebagai Pusat Penjaminan Mutu (PPM). Tahun 2014, PPM berubah nama menjadi LPM sesuai dengan PMA Nomor 25 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Alauddin Makassar, termaktub pada Pasal 5 bahwa salah satu Organ pengelola Universitas adalah Lembaga. Selanjutnya pada Pasal 62, dinyatakan bahwa Lembaha yang dimaksud pada pasal 5 huruf e terdiri dari Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat; dan Lembaga Penjaminan Mutu. Adapun tugas dan tanggung jawab LPM dijelasakan pada pasal 70 bahwa LPM mempunyai tugas mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. Adapun fungsi LPM dijelaskan pada Pasal 71 yaitu : pelaksanaan penyusunan rencana, evaluasi program dan anggaran, serta pelaporan; pelaksanaan pengembangan mutu akademik; pelaksanaan audit, pemantauan, dan penilaian mutu akademik; dan pelaksanaan administrasi Lembaga.
Kepengurusan LPM terdiri atas Ketua, Sekretaris, Pusat dan Subbagian Tata Usaha. Ketua LPM mempunyai tugas memimpin dan mengelola kegiatan pengendalian mutu akademik yang dibantu oleh Sekretaris. Adapun Sekretaris mempunyai tugas memberikan dukungan administrasi, keuangan, ketenagaan, dan pelaporan sesuai dengan kebijakan Ketua Lembaga. Adapun Pusat terdiri atas Pusat Pengembangan Standar Mutu dan Pusat Audit dan Pengendalian Mutu. Pusat Pengembangan Standar Mutu mempunyai tugas melaksanakan pengembangan mutu akademik sementara itu Pusat Audit dan Pengendalian Mutu bertugas untuk melaksanakan pengawasan dan pengendalian mutu akademik. Sedangkan Subbagian Tata Usaha bertugas untuk melaksanakan layanan administrasi, perencanaan, keuangan, ketatausahaan dan kerumahtanggaan di lingkungan LPM.